鱼缸底部的鱼屎在换水的时候可以用软管将水中的赃物带水一起吸出，还可以通过过滤设备过滤出大的颗粒物，这样也是比较好的处理方法。
去除鱼缸中鱼类排泄物的方法：
1、物理方法，
换水，用软管按照虹吸原理将水中赃物带水一起吸出，然后补进水质相同或尽量相近的水，一般换去旧水的三分之一或一半，非必要情况不要使用全换水，也可以在鱼缸里装上电动过滤设备，接上电源，可以自动工作，过滤去水中大颗粒杂物，需及时清洗过滤材料。(海绵布等)
2、生物方法，
在鱼缸里铺上底砂(大理石，黑晶沙，河沙或仙土等)，然后种植一定量的水生植物，在鱼类放养密度不是很大的情况下，底砂和水草可以沉淀吸附鱼类排泄物，水环境中的有益菌可以分解鱼类排泄物，水草可再次吸收利用有益菌的分解产物。如果鱼缸放养密度较大可以结合物理过滤的方法。
3、“水妖精”，
此物其实就是气动海绵过滤器，海绵在进行少量物理吸附过滤的情况下，还为有益菌提供了栖息场所，分解水中有机物，适合喜欢安静的鱼类，低密度的饲养。
鱼缸的干净程度，是可以决定水质是否健康的。